自动化系主要承担自动化专业的教学任务，教学内容涉及自动控制理论、传感器与自动检测技术、网络与通信技术，工业生产过程自动控制，培养学生掌握自动控制的基本理论和技术，具备从事有关运动控制、过程控制、自动化仪表和设备等方面的工程设计、应用研究、技术开发、系统运行管理与维护等工作实践能力与开拓创新能力强的应用型高级工程技术人才。

自动化系是福建省自动化学会的挂靠单位，在教学中多人获得校教学优秀奖，所授课程《自动控制理论》、《单片机原理及应用》是校级精品课程，在指导学生参加学科竞赛方面取得了较多奖项。